Agaroz jel elektroforezinde DNA görüntüleme için etidyum bromüre alternatif boyaların incelenmesi
Dosyalar
Tarih
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
Özet
Etidyum bromür (EtBr), DNA ve PZR ürünlerinin agaroz jel elektroforezinde görüntülenmesinde yaygın olarak kullanılan temel bir jel boyasıdır. Ancak çevre ve sağlık açısından kanserojen ve mutajenik etkilerinden dolayı farklı alternatif boyalar araştırılmaktadır. Bu çalışmada Etidyum bromür boyasına alternatif olarak elektroforez jellerinin boyanmasında altı farklı boyanın kullanımının araştırılması ve EtBr ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla; SYBR® Safe, SYBR® Green I, GelRed™, Metilen Blue ve Kristal Viyole boyaları kullanılmış ve bu boyaların bitki DNA'sı ve PZR ürünlerinde boyama etkinliğine bakılmıştır. Ayrıca, görünür boya türlerinden N719 olarak bilinen organik boya da DNA görüntülemede kullanılmıştır. Boyama işlemi jel içi ve elektroforez sonrası jel boyanması şeklinde yapılmıştır. Çıkan sonuçlar EtBr boyası sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır. Çalışma sonucunda jel içi ve elektroforez sonrası boyamada GelRed, SYBR Safe ve N719 boyalarının EtBr yerine başarı ile kullanılabileceği belirlenmiştir.
Etidyum bromür (EtBr), DNA ve PZR ürünlerinin agaroz jel elektroforezinde görüntülenmesinde yaygın olarak kullanılan temel bir jel boyasıdır. Ancak çevre ve sağlık açısından kanserojen ve mutajenik etkilerinden dolayı farklı alternatif boyalar araştırılmaktadır. Bu çalışmada Etidyum bromür boyasına alternatif olarak elektroforez jellerinin boyanmasında altı farklı boyanın kullanımının araştırılması ve EtBr ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla; SYBR® Safe, SYBR® Green I, GelRed™, Metilen Blue ve Kristal Viyole boyaları kullanılmış ve bu boyaların bitki DNA'sı ve PZR ürünlerinde boyama etkinliğine bakılmıştır. Ayrıca, görünür boya türlerinden N719 olarak bilinen organik boya da DNA görüntülemede kullanılmıştır. Boyama işlemi jel içi ve elektroforez sonrası jel boyanması şeklinde yapılmıştır. Çıkan sonuçlar EtBr boyası sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır. Çalışma sonucunda jel içi ve elektroforez sonrası boyamada GelRed, SYBR Safe ve N719 boyalarının EtBr yerine başarı ile kullanılabileceği belirlenmiştir.
Açıklama
Kaynakça: 55-61 ss.
