Buğdayda polimeraz zincir reaksiyonu ve olası sorunların optimizasyonu

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) DNA polimeraz enzimi aracılığıyla suni sartlarda DNA’nın çoğaltılması islemidir. Yaygın ve genis bir kullanım alanı olan PCR, moleküler çalısmalara büyük bir hız ve kesinlik kazandırmıstır. Oldukça kompleks olan bu teknik optimize edilerek basarılı bir sekilde kullanıldığında arastırmacıların isini kolaylastırmaktadır. Ancak zayıf, istenmeyen ve spesifik olmayan ürün olusumundan kaçınmak için kullanıcı gereken optimum konsantrasyon ve sartları kendisi ayarlamalıdır. Bu çalısma, PCR’de kullanılan temel bilesenlerden DNA, MgCl2, dNTP ve primer konsantrasyonlarının optimize edilmesi ve karsılasılan sorunların ortaya konulması amacıyla yapılmıstır. Bu bilesenler PCR sonucunu etkileyen kritik faktörlerdir. Diğer bilesenler sabit tutularak her bir bilesen için farklı konsantrasyonlar denenmis ve doğru amplifikasyon için gerekli optimum konsantrasyonların DNA (100 ng), MgCl2, dNTP ve primer için sırasıyla 1 ?l, 2-2.25 mM, 200-400 ?M ve 0.25 ?M olduğu saptanmıstır. Ayrıca reaksiyon karısımına mineral yağ koymanın PCR ürününe etkisinin bulunmadığı da tespit edilmistir.

Polymerase Chain Reaction (PCR) is a process of DNA amplification via DNA polymerase enzyme under artificial conditions in a thermal cycler. PCR, which has very common use in a wide range of different diciplines, has provided high speed and certainty for molecular studies. If this complex technique is used effectively after optimization, it makes studies easy for researchers. However, researcher should optimize the PCR conditions before any specific study to avoid from poor and nonspecific PCR products. The aim of this work was to put forward the problems encountered in a PCR and show how to optimize concentrations of DNA, MgCl2, dNTPs and primers. These are the critical components for a successful PCR process. By keeping other factors stable, it was determined that optimum DNA (100 ng), MgCl2, dNTPs and primer amounts were 1 μl, 2-2.25 mM, 200-400 μM and 0.25 μM, respectively. In addition, mineral oil addition to the mix had no effects on PCR product.